علی مطهری، نایب رئیس مجلس شورای ایران در پاسخ به انتقادهایی که از موضعگیری اخیرش نسبت به فایل صوتی آیت‌الله منتظری در باره اعدام‌‎های گروهی زندانیان سیاسی در سال 1988 در زندان‌های ایران، صورت گرفته گفته که برخی "اصلا معتقد به خطا در جمهوری اسلامی نیستند" او تاکید کرد که "خطا در جمهوری اسلامی باید به صورت آشکار گفته شود تا نظام اصلاح شود".
واکنش علی مطهری در پاسخ به انتقاد ابوالفضل حسن‌بیگی، نماینده مجلس شورای صورت گرفته که ، نوشته "با این تیپ دوستان در اصل دفاع از انقلاب مشترکیم ولی در نحوه دفاع اختلاف داریم".
حسن بیگی چند روز پیش ضمن اعتراض به سخنان مطهری درباره اعدام‌های سال 1988 گفته بود که از مطهری انتظار می‌رود "مثل شهید مطهری قدم بردارد نه اینکه از نام مطهری سوءاستفاده کند و چنین قائله‌ای برپا کند".
علی مطهری فرزند "آیت الله مرتضی مظهری" است. مرتضی مطهری در سال اول انقلاب ترور شد، او که عضو هیئت موتلفه اسلامی بود به عنوان نظریه‌پردازان نظام جمهوری اسلامی ایران توصیف می‌شود بعد از انقلاب به ریاست شورای انقلاب منصوب شد. آیت الله خمینی درباره او گفته است،"مطهری پارهٔ تن اسلام و حاصل عمر من بود."
مطهری بیان کرد که "برخی از این‌ها اصلا معتقد به خطا در جمهوری اسلامی نیستند و یک وجود ملکوتی برای نظام قائلند برخی دیگر معتقد به خطا هستند اما می‌گویند نباید به صورت آشکار گفته شود چون موجب تضعیف نظام است".
به اعتقاد حسن بیگی چون علی مطهری نایب رئیس مجلس شورای ایران است از سخنانش می توان "به عنوان سندی علیه جمهوی اسلامی در سازمان‌های بین‌المللی" استفاده کرد.
اعدام های سال 67 در انتقام از عملیات موسوم به فروغ جاویدان توسط سازمان مجاهدین خلق ایران و حمله اعضای این سازمان از خاک عراق به داخل ایران، صورت گرفت، اعدام‌شدگان در این عملیات حضور نداشتند.
در پی این عملیات آیت اﻟله خمینی رهبر جمهوری اسلامی ایران، به دستگاه قضایی دستور داد که هر زندانی سیاسی که بر موضع خود باقی است را اعدام کند. در پی این حکم، تنها طی دو ماه برای بسیاری از زندانیان سیاسی حکم اعدام صادر و اعدام شدند. بیشتر اعدام شدگان از میان اعضای زندانی سازمان مجاهدین خلق بوده و برخی از آنان از اعضای گروه‌های چپ نظیر چریک‌های فدایی خلق بودند.
تعداد قربانیان این واقعه که مخالفان رژیم ایران از آن به عنوان کشتار یاد می‌کنند، نزد مراجع مختلف متفاوت و بین ۲۵۰۰ تا ۵۰۰۰ نفر است. در حالی که آیت‌الله منتظری شمار اعدام شدگان را حدود ۳۸۰۰ تن برآورد کرده، اما سازمان مجاهدین خلق می‌گوید که ۳۰ هزار تن از اعضایش در سراسر ایران اعدام شده‌اند.