علی خامنه‌ای رهبر جمهوری اسلامی ایران در پیام تسلیتی که به مناسبت درگذشت اکبر هاشمی رفسنجانی صادر کرد، از اختلاف‌هایش با او به ویژه در سال‌های اخیر سخن گفت.
خامنه‌ای، در پیام تسلیت خود، از هاشمی رفسنجانی با لقب «حجت الاسلام» و برخلاف آن‌چه شناخته شده است، از به کار بردن لقب «آیت‌الله» امتناع کرد.
در پیام تسلیت خامنه‌ای آمده است:‌«با دریغ و تأسف خبر درگذشت ناگهانی رفیق دیرین، و همسنگر و همگام دوران مبارزات نهضت اسلامی، و همکار نزدیک سال‌های متمادی در عهد جمهوری اسلامی جناب حجت‌الاسلام والمسلمین آقای حاج شیخ اکبر هاشمی رفسنجانی را دریافت کردم».
او سابقه دوستی خود با رفسنجانی را دارای سابقه‌ای پنجاه و نه ساله دانسته و افزوده است: «چه دشواری‌ها و تنگناها که در این ده‌ها سال بر ما گذشت و چه همفکری‌ها و همدلی‌ها که در برهه‌های زیادی ما را با یکدیگر در راهی مشترک به تلاش و تحمل و خطرپذیری کشانید».
رهبر ایران، شخصیت هاشمی رفسنجانی را در دوره مبارزه با نظام شاه سابق ایران اینگونه توصیف کرد: «هوش وافر و صمیمیت کم‌نظیر او در آن سال‌ها، تکیه‌گاه مطمئنی برای همه‌ کسانی که با وی همکار بودند به ویژه برای اینجانب به شمار می‌آيد».
او اما نتوانست اختلاف‌هایی را که در سال‌های اخیر با هاشمی رفسنجانی داشت، نادیده بگیرد و افزود: «اختلاف نظرها و اجتهادهای متفاوت در برهه‌هائی از این دوران طولانی هرگز نتوانست پیوند رفاقتی را که سرآغاز آن در بین‌الحرمین کربلای معلّی بود به کلی بگسلد و وسوسه‌ خناسانی که در سال‌های اخیر با شدّت و جدیت در پی بهره‌برداری از این تفاوتهای نظری بودند، نتوانست در محبت شخصی عمیق او نسبت به این حقیر خلل وارد آورد».
در جریان انتخابات ریاست جمهوری جنجال برانگیز ۱۳۸۸ هاشمی و خانواده او به وضوح از میرحسین موسوی، نامزد اصلاح‌طلبان حمایت کردند و خود او نیز در آخرین نمازجمعه‌ای که در تهران اقامه کرد و پس از آن در محافل خصوصی از سرکوب معترضان به نتایج این انتخابات انتقاد کرد. این انتقادات باعث شد که از سوی مراجع حکومتی به همسوی با «فتنه‌گران» متهم شده و به تدریج جایگاه امامت نمازجمعه، ریاست مجلس خبرگان و اثرگذاری بر دانشگاه آزاد اسلامی را از دست داده و فرزندانش نیز پست‌های خود را از دست بدهند.
پس از حوادث سال ۱۳۸۸ شمسی، خامنه‌ای افرادی همچون هاشمی رفسنجانی که منتقد سیاست‌هایش در برخورد با معترضان بودند را «خواص بی بصیرت» توصیف کرد.
رفسنجانی در سال ۱۳۹۲ برای چهارمین بار در انتخابات ریاست جمهوری نامزد شد که صلاحیت وی از سوی شورای نگهبان که خامنه‌ای اعضایش را منصوب می‌کند احراز نشد.
خامنه‌ای با وجود این اشاره‌ها، در پایان پیام تسلیت خود، با نقش هاشمی رفسنجانی دو دوران مبارزات علیه نظام شاه سابق ایران اشاره کرده و افزود: «با فقدان هاشمی اینجانب هیچ شخصیت دیگری را نمی‌شناسم که تجربه‌ای مشترک و چنین دراز مدت را با او در نشیب و فرازهای این دوران تاریخ ساز به یاد داشته باشم».